El programa Escuela Entorno Protector tiene por objetivo acompañar a las instituciones educativas de Medellín en la transformación de la escuela en entorno protector. Con un equipo interdisciplinario conformado por 213 profesionales, contribuye con el mejoramiento de los ambientes de aprendizaje, el buen vivir en la escuela y la formación de ciudadanos activos que aporten a la construcción de una comunidad protectora.

El programa tiene presencia en las instituciones educativas oficiales de la ciudad con el acompañamiento permanente de un profesional psicólogo para el fortalecimiento de los procesos institucionales, además existe un equipo interdisciplinario de apoyo y gestión para apoyar la asesoría técnica y la formación en cada una de ellas. 

Desde el programa se identifican y previenen factores de riesgo que afectan a los estudiantes para generar alertas tempranas a los entes competentes e implementar acciones educativas y de protección. Además brindamos atención psicosocial a los estudiantes y sus familias para superar las situaciones que afectan su integridad y salud mental, todo con el debido seguimiento.